Excelのオートフィルで16進を入力する方法を試して見ました。
========================================================
【追記】
今でも検索されてくる方が多いので、Excel 2010での[ユーザー設定リスト]の設定の仕方を追加します。
すごい面倒になりました(^^ゞ
●操作手順:ユーザー設定リストダイアログを表示する
[ファイル]タブ−[オプション]をクリック
↓
[Excelのオプション]ダイアログ−[詳細設定]をクリック
↓
[全般]欄
−[並べ替え順や連続データ入力設定で使用するリストを作成します]
−[ユーザー設定リストの編集]ボタンをクリック

ここから設定して下さい。

=========================================================
Excel2003です。
メニューから、ツール(T)-オプション(O)-ユーザー設定リストで、新しいリストとして追加します。

頭のゼロを表示させるため、あらかじめフィルするセルの列を一括選択してセルの書式設定より、文字列を選択しておきます。
4桁0000からFFFFまでインポートして見ましたが、リスト項目には00FDまでしか入力されません。
しかも実際にフィルしてみると018Fまで連続フィル出来ますが、また0000からの繰り返しとなります。

なら2桁の1バイトならどうなるか?
こちらは、00からFFまで選択してインポートしても、リストにはFDまでしか表示されませんが、フィルするとFFまでちゃんとフィルされます。

最初にリストファイルを作っておいて、リストとして取込みたい範囲選択をしてから、ダイアログを呼び出すとインポート範囲が自動的に入力されますので、[インポート]ボタンを押すだけで取込まれます。
リスト読込み用サンプルファイルです。右クリックより保存して下さい。
インポート用サンプル1セルに1ワード(4桁)入力する場合は、二度手間ですが前セルに上位1バイト入力してフィルする際に[Ctrl]キーを押しながらフィルすると同じ数値がフィルされていきます。(A列)
そしてアドインの[七草]を使って、A列とB列を結合してC列に入力しています。
間に接続記号(たとえばCh)を入れて。00Ch00という風に結合も出来ます。
エディタを使って結合か行頭文字列追加で4桁にしても良いです。

【追記】
最新版のExcel2007でも試して見ました。
設定方法は同じですがメーニューから探すのが大変
左上の丸いOfficeボタンをクリック
下にある[Excelのオプションボタン]クリックして

[ユーザーリストの編集]クリックで設定ダイアログが出ます。

00からFFまでインポートしてもFDまでしか表示されませんが、2桁ならきっちりFFまでフィル出来ました。
これなら使い勝手がよさそうです。
4桁はExcel2003と同じ018Fまででした。残念!

【おまけ】
Excel関数で進数変換のサンプルです。

右クリックより保存して下さい。
16進数変換【追記】
Excel 2007では[Excelのオプション]ダイアログを表示したときに、[ユーザー設定リストの編集]ボタンがありますが、Excel 2010ではちょっと面倒です。
[詳細設定]を選択して、一番下までスクロールすると、[ユーザー設定リストの編集]ボタンがあります。
最初にリストファイルを作っておいて、リストとして取込みたい範囲選択をしてから、ダイアログを呼び出すとインポート範囲が自動的に入力されますので、[インポート]ボタンを押すだけで取込まれます。
フィルしたい列は、頭のゼロを表示するように、あらかじめ列を全選択して書式を「文字列」にして下さい。